Die SAGW ist als Verein organisiert. Ihre Mitglieder sind die rund 60 Fachgesellschaften. Die Präsidentin/der Präsident der Fachgesellschaft und ein weiterer Delegierter nehmen an der jährlich stattfindenden Delegiertenversammlung teil, die unter anderem die 18 Vorstandsmitglieder wählt. Der Vorstand tagt viermal jährlich. Ein Ausschuss bereitet wichtige Geschäfte vor.

In Partnerorganisationen ist die SAGW mit Delegierten vertreten.

Im Generalsekretariat sind 11 Mitarbeitende tätig.